Interfaz gráfica de usuario: el sistema de ventanas X, el gestor de ventanas, y los entornos de escritorios.

Unix es un sistema modular: se compone de muchos componentes de forma que el usuario (o el administrador de sistemas) pueda escoger aquellos componentes que necesite. En particular, hay varias capas de software responsables de la interfaz gráfica de usuario. Estas capas son: el sistema de ventanas X, el gestor de ventanas, y el entorno de escritorio.

El sistema de ventanas X (También conocido como X, o X11) es el componente de los sistemas Unix responsable de virtualmente todas las operaciones gráficas básicas — en particular, de dibujar los iconos, los fondos, y las ventanas en las que se ejecutan las aplicaciones. Sin las X, solo tendríamos la linea de comandos. X11 determina la resolución de la pantalla y la profundidad de color, mueve el cursor del ratón alrededor de la pantalla, etc. Sirve de base para otros componentes de la interfaz gráfica de usuario como los gestores de ventanas y los entornos de escritorio.

Los gestores de ventanas amplian las capacidades del sistema de ventanas X poniendo bordes y botones alrededor de la ventanas, lo que permite al usuario moverlas, cerrarlas, ocultarlas o cambiar su tamaño. X11 se usa casi siempre en combinación con un gestor de ventanas, ya que seria prácticamente inutilizable sin el. Hay muchos gestores de ventanas disponibles para X11; los mas populares son fvwm, mwm, kwm (usado por KDE), Enlightenment, y Sawfish.

Finalmente, un entorno de escritorio va un paso mas allá del gestor de ventanas, añadiendo un gestor gráfico de ficheros desde el cual podrá arrastrar y soltar elementos sobre su escritorio, un panel que puede usarse para lanzar las aplicaciones usadas frecuentemente, y un conjunto de aplicaciones y utilidades. Hay varios entornos de escritorio disponibles para todas las versiones de Unix; Los mas populares son GNOME, KDE y CDE (pronto sustituido por GNOME).

casi todos los entornos de escritorio contienen un gestor de ventanas como parte integral; por ejemplo, KDE contiene su propio gestor de ficheros, kwm (es posible usar KDE con otro gestor de ventanas, pero poca gente lo hace). Gnome no dispone de su propio gestor de ventanas; le permite escoger cualquier gestor de ventanas que tenga ya en su sistema. Para hacer la vida mas fácil a los nuevos usuarios, se distribuye generalmente el gestor de ventanas Sawfish con Gnome y se usa por defecto; puede cambiar a otro gestor de ventanas usando el Centro de control de GNOME. Observe en cualquier caso que necesita un gestor de ventanas compatible con Gnome para usar algunas de las funcionalidades de Gnome, como el gestor de sesiones, el aplique barra de tareas, etc.